Masame Amaha et sa fille Rihoko vivent ensemble en vagabondant depuis le grand tremblement de terre qui ravagea la ville de Tokyo, 6 ans plus tôt. En réalité, elles sont les deux seules survivantes du séisme qui détruisit la totalité de la ville, Masame se trouvait à l'épicentre du séisme, sauvée de justesse de la violence meurtrière de la catastrophe. Néanmoins, elle n'a plus aucun souvenir de ce qui s'est passé avant ce jour-là, et sans le carnet de naissance qu'elle portait sur elle, elle n'aurait probablement jamais su que Rihoko était sa fille. Elles vagabondent, jours après jours, restant ensemble et échappant à la NSFW, l'Agence pour la Protection de l'Enfance, qui veut placer Rihoko en institution et lui donner une vie stable. Alors que la mère et la ville retournent à Tokyo, l'Agence les traque et les trouve, emmenant Rihoko par une pression psychologique sur Masame, mais cette dernière se ressaisit et vole une voiture de police pour reprendre sa fille. Victime d'un accident, la mère se retrouve en prison alors que la fille, elle, s'évade de l'Agence pour retrouver sa mère. Au commissariat, un carnage se produit, Masame n'est pas ordinaire. Un monstre l'attaque, une lueur provenant de son bras réagit à ce monstre et la transforme en Witchblade, une entité démoniaque pourvue d'une force surpuissante et incontrôlable...